隶属克孜勒苏柯尔克孜自治州，地处天山南麓，托什干河上游。在州境北部。东北与乌什县相接，东南与柯坪县相交，西南与阿图什市相邻，西北与吉尔吉斯斯坦共和国交界，边界线长305.3千米。全县总面积1.15万平方千米。

“阿合奇”，柯尔克孜族语，意为“白芨草”。因当地白芨芨草多而得名。

阿合奇县辖阿合奇镇、哈拉布拉克乡、哈拉奇乡、苏木塔什乡、库兰萨日克乡、色帕巴依乡5乡（1镇），下设3个社区、25个行政村，阿合奇县人民政府驻阿合奇镇。

阿合奇史称尉头，属西域三十六国，1882年置乌什直隶厅，隶属阿克苏道。1940年8月，经省政府批准，阿合奇正式从乌什县划出单独设县，初称设治局。1944年1月16日经省政府批准，阿合奇升格为县。1950年3月，中国人民解放军进驻阿合奇，同年4月25日阿合奇县人民政府成立。1954年7月，克孜勒苏柯尔克孜自治区成立（1956年改称自治州），阿合奇县划归克孜勒苏柯尔克孜自治州管辖至今。1957年县人民政府改称县人民委员会，1969年县人民委员会改称县革命委员会。1980年3月革命委员会又改称阿合奇县人民政府，沿用至今。